故事叙述父子三鼠住在河边过着平静的生活，原以为能在河畔眺望河光度过一生，死后化成雨、汇成小流，与喜爱的河川永远融合一体。不料，东京都建设局打算兴建工程将河川铺成暗渠，它们只能离开家园，展开漫长惊险的旅程王子变青蛙剧情...

　　晴朗时节，江户川柯南（高山南配音）和毛利小五郎（小山力也配音）、小兰（山崎和佳奈配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的...